La commune de Pernois s'étend sur une superficie de 883 hectares pour une population de 716 habitants en 2007 (549 en 1896), ce qui représente une densité de 81,1 habitants au km² (données INSEE).
Le territoire communal se déploie en partie dans la vallée de la Nièvre, que suit la R.D. 57, principale voie de circulation. Le fond de vallée a longtemps présenté un sol marécageux. Une grande partie du territoire s'étend sur le plateau au nord du village, où sont situées les terres agricoles. Une partie de ce plateau était occupé par le bois de Pernois, défriché dans la seconde moitié du 19e siècle. Le village occupe le fond de la vallée de la Nièvre, entre la rive droite et le plateau nord.
Le hameau du Soudet, aujourd'hui traversé par la R.D. 57, forme toujours un écart du village au sud-ouest, autour de l'ancienne minoterie. La rue des Blancs-Pignons a également formé une zone de construction plus tardive. Elle relie au village la ferme de Bélettre, à l'ouest, au bord de l'ancien chemin de Berteaucourt-les-Dames.
